Diantara bidang kerja yang dikembangkan oleh Yayasan Iqro’ Bekasi adalah Bidang Pendidikan. Sesuai dengan namanya, bidang ini khusus menangani masalah pendidikan formal dari tingkat TK, SD sampai dengan SMP.

Bidang kerja ini dikepalai oleh seorang Kepala Bidang,  yang belakangan biasa disebut dengan istilah Direktur Sekolah. Istilah Direktur Sekolah ini mulai dipopulerkan pada masa Ust. Mahfudz Sidiq  menjabat sebagai Ketua Yayasan. Lambat laun, seiring dengan perjalanan waktu, kata sekolah yang menempel beriringan dengan kata direktur sudah jarang dipakai lagi sehingga hanya kata  direkturnya saja yang sering disebut.  Kemudian, pada tahapan berikutnya sebutan direktur  disandangkan pula untuk pimpinan lembaga lain.

Dalam rentang waktu berdirinya yayasan Iqro’ ini, telah beberapa kali terjadi pergantian pimpinan bidang pendidikan, antara lain : Budi Darmawan. Beliau adalah seorang yang berlatar belakang pendidkan psikologi dan konsultan psikologi yang cukup dikenal saat itu, namun mempunyai ketertarikan yang sangat kuat dengan dunia pendidikan. Setelah beliau, estapeta kepemimpinan diserahkan pada Ibu Lely Latifah.

Setelah itu, kepemimpinan lembaga ini dilanjutkan oleh Ust. Idzudin Majid, mantan Kepala Sekolah dan Pesantren SMPIT IQRO’. Kemudian, munculah Bapak Sunardi sebagai pemimpin lembaga ini. Sarjana Pendidikan yang satu ini adalah juga seorang diantara generasi awal yang berkiprah pada lembaga ini. Beliaulah yang menjadi Kepala Sekolah SDIT IQRO’ yang pertama.

Kemudian beliau digantikan oleh Bapak Syamsuddin. Pimpinan Lembaga Pendidikan yang satu ini adalah seorang yang berlatang belakang pendidikan ekonomi. Beliau mulai banyak bersentuhan dengan dunia pendidikan saat beliau ikut mengurus masalah keuangan Yayasan. Keterlibatan itu, membawa beliau pada tanggungjawab lebih dalam pada bidang pendidikan. Pada masa beliau inilah,  dimulainya proses penataan struktur dan aturan yang lebih jelas. Pada saat beliau jugalah istilah Kepala Bidang diganti sebutannya menjadi Direktur Sekolah.

Sibuk dengan aktifitas bisnis yang belakang hari semakin menyita waktu beliau, kepemimpinanpun diserahterimakan pada sosok wanita lemah gemulai, Ibu Lely Latifah untuk kedua kalinya. Sampai saat ini, hanya Ibu Lely latifah satu-satunya sosok wanita wanita yang sempat menduduki kursi kepemimpinan Lembaga Pendidikan,  bahkan untuk dua kali masa kepemimpinan.

Secara structural, Bidang Pendidikan dibantu oleh tiga pimpinan unit, yaitu Kepala Sekolah TK, Kepala Sekolah SD, serta Kepala Sekolah dan Kepala Pesantren SMP. Pada pundak lima orang pimpinan inilah  bertumpunya tanggungjawab lajunya pertumbuhan, perkembangan dan dinamika pendidikan IQRO’.  Selain kelima pimpinan ini, kerja-kerja Kepala Bidang diabantu juga oleh team kerja pendukung, seperti staf administrasi, staf keuangan, staf kerumahtanggaan dan staf keamanan.

Disain struktur organisasi pada Bidang Pendidikan ini berkembang sangat dinamis dan tidak berlaku mutlak. Sebelum ini, selain pimpinan sekolah, Bidang Pendidikan juga dibantu oleh manejer Keuangan, manajer Bidang Sarana Dan Pra Sarana serta Kepala Sekretariat LPYI.